法医DNA测序|纳米孔测序过滤分析:NanoFilt / Filtlong→
在完成初步的可视化分析后,下一步通常是对符合研究需求的数据进行过滤,以确保分析结果的准确性和可靠性。长读测序数据在初步分析中可能包含一些低质量、过短或过长的读取序列,这些数据可能会影响后续分析的质量。为此,使用有效的数据过滤工具至关重要。本文将介绍两款用于纳米孔测序下机数据过滤分析的软件:NanoFilt 和 Filtlong,它们分别有各自的特点和优势,适用于不同的研究需求。
在完成初步的可视化分析后,下一步通常是对符合研究需求的数据进行过滤,以确保分析结果的准确性和可靠性。长读测序数据在初步分析中可能包含一些低质量、过短或过长的读取序列,这些数据可能会影响后续分析的质量。为此,使用有效的数据过滤工具至关重要。本文将介绍两款用于纳米孔测序下机数据过滤分析的软件:NanoFilt 和 Filtlong,它们分别有各自的特点和优势,适用于不同的研究需求。
当您手头只有一个单样本的长读长下机数据时,使用前文提到的 NanoPlot 进行评估是一个非常直观且高效的选择。它能够提供详细的可视化结果,帮助您快速了解数据质量和读长分布等信息。然而,当您需要同时分析几十个甚至更多样本的下机数据表现时,仅依赖单样本工具可能会显得繁琐且效率低下。此时,NanoComp 是一个理想的替代方案。
在上一节中,我们了解了纳米孔测序的基本原理以及下机数据的格式和文件内容。下一步需要进行的就是对原始数据的数据表现进行初步的判定,以便我们后续的下游分析提供高质量的clean data。 下面将分篇介绍几个纳米孔下机数据可视化分析以及质控的分析工具
前沿精读 | FSIG:在单一检测中探索法医STR、SNPs、InDels 和 DNA 甲基化标记的纳米孔直接测序表现
之前的文章中,我们讲述了纳米孔测序仪小巧便携,长读长的优点,不仅可用于固定地点的安装测序也可以实现背包测序,这对于非人类法医遗传学研究具有重要意义。本合集将基于纳米孔测序仪以及数据的基本构成和分析进行相关知识的介绍,让非生物信息学专业的法医从业者也能轻松了解纳米孔测序。