法医DNA测序｜纳米孔测序过滤分析：NanoFilt / Filtlong→

group
analysis
date
Jan 22, 2025
slug
forensic_nanopore_filter
status
Published
tags
forensic
nanopore sequencing
bioinformatics
summary
在完成初步的可视化分析后，下一步通常是对符合研究需求的数据进行过滤，以确保分析结果的准确性和可靠性。长读测序数据在初步分析中可能包含一些低质量、过短或过长的读取序列，这些数据可能会影响后续分析的质量。为此，使用有效的数据过滤工具至关重要。本文将介绍两款用于纳米孔测序下机数据过滤分析的软件：NanoFilt 和 Filtlong，它们分别有各自的特点和优势，适用于不同的研究需求。
type
Post

NanoFilt

安装

主要参数

  • -l 最小 read 长度
  • --maxlength 最大read长度
  • -q 最小read平均质量
  • --minGC 最小GC含量
  • --maxG 最大GC含量
  • --headcrop 从read开始修剪 n 个碱基
  • --tailcrop 从read结束修剪 n 个碱基

Examples

FiltLong

安装

主要参数

  • -t 保留最大通量
  • -p 保留最大比例的通量
  • --min_length 最小 read 长度
  • --max_length 最大 read 长度
  • --min_mean_q 最小read平均质量
  • --min_window_q 最小read 质量窗口长度

Examples

参考

[1] wdecoster/nanofilt: Filtering and trimming of long read sequencing data (github.com)
[2] rrwick/Filtlong: quality filtering tool for long reads (github.com)

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