法医DNA测序｜纳米孔测序质控分析：NanoComp→
group
analysis
date
Jan 21, 2025
slug
forensic_nanopore_nanocomp
status
Published
tags
forensic
nanopore sequencing
bioinformatics
summary
当您手头只有一个单样本的长读长下机数据时，使用前文提到的 NanoPlot 进行评估是一个非常直观且高效的选择。它能够提供详细的可视化结果，帮助您快速了解数据质量和读长分布等信息。然而，当您需要同时分析几十个甚至更多样本的下机数据表现时，仅依赖单样本工具可能会显得繁琐且效率低下。此时，NanoComp 是一个理想的替代方案。
type
Post
NanoComp
NanoComp 是一个非常适合比较多个长读长测序数据及其比对结果的工具。它通过多种直观的可视化手段，帮助用户评估和比较不同样本或测序运行的数据质量和特征。
安装
运行命令
更加详细全面的使用方法可参见
NanoComp -h以demo.fq.gz为例，复制了9份总计10个demo样本，运行命令如下：
结果文件
主要结果均包含于 NanoComp-report.html文件
HTML文件部分结果展示
（Note: demo样本为重复样本，样本间具有相同数据表现）
- 测序数据主要统计：包含文件名、平均（中值）读长、平均（中值）read 质量、Read N50长度等
- 样本通量条形图
- 样本read N50长度条形图
- read 长度小提琴图
- read Q值小提琴图
Note：可通过点击的方式在网页上进行交互，在点击右侧样本名称变灰时可以隐藏对应样本
以上是利用NanoPlot进行纳米孔测序原始下机数据表现可视化的相关内容，文中只对简要使用方法和主要结果文件进行了解读，如有具体问题交流请后台私。
参考
[1] Wouter De Coster, Rosa Rademakers, NanoPack2: population-scale evaluation of long-read sequencing data, Bioinformatics, Volume 39, Issue 5, May 2023, btad311, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad311