Snakemake使用笔记 →
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date
Oct 30, 2024
slug
snakemake-use-for-green-hand
status
Published
tags
bioinformatics
summary
作为生物信息学工作者，总是会利用不同代码工具进行流程搭建，那么一款好用的流程语言就可以达到事半功倍的效果，下面👇就让我们一起瞧瞧基于python的流程框架snakemake😄🎉🎈
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Post
Snakemake工作流程管理系统是为创建 可重复和可扩展的 数据分析的工具。工作流程使用人类可读的基于Python的语言描述。 它们可以无缝扩展到服务器，集群，网格和云环境，而无需修改工作流程定义。 最后，Snakemake工作流程可能包含所需软件的说明，这些软件将自动部署到任何执行环境。（来自Snakemake — Snakemake 5.6.0 文档 (snakemakecn.readthedocs.io)）
在确保安装了conda的前提下，利用以下命令进行snakemake的安装
一个入门简单的示例
如何执行上述流程，命令如下
Note:（Since we used the
-n (or --dry-run) flag, Snakemake will only show the execution plan instead of actually perform the steps. The -p flag instructs Snakemake to also print the resulting shell command for illustration.）