单细胞测序之参考基因组 →
date
Oct 31, 2024
slug
single-cell-refer-data
status
Published
tags
scRNA-sequencing
10X genomics
bioinformatics
summary
单细胞测序从参考基因组构建开始👇
type
Post
cellranger前的参考基因组处理
10X官网下载已经构建好的参考基因组
- 下载地址会更新，下载前填写信息即可免费下载
- 该地址下也包含了cellranger的下载地址
当没有参考基因组时，需要自行构建参考基因组
主要步骤如下：
- 需要在ncbi或Ensembl https://ftp.ensembl.org/pub/release-113/ 上下载对应参考物种的基因序列（fasta）和注释文件（gtf）
- 注意在NCBI上下载的gff3格式需要先转换为gtf格式
- 利用cellranger构建参考基因
