公共数据库下载原始单细胞测序数据提速方法 →

下载方式

• 可通过GEO的SRA数据下载，也可通过ebi数据库进行相应的测序数据的下载（前提是所选数据集上传了原始数据以及开放了下载权限）

• GEO数据库的下载界面，配套使用SRA Toolkit下载

• EBI数据库下载数据,通过查看2中的内容可以获取下载地址，此时推荐更高速的下载方式（百兆/s），用到的工具为ascp

• 利用ascp高速下载原始数据,修改/vol/***部分的地址

下载数据类型

• 从sra拆分的fastq文件只有一个：单端测序

• 从sra拆分的fastq文件有两个：双端测序

• 从sra拆分的fastq文件有三个：双端测序read+index

cellranger所需的数据命名方式

• 例如pbmc_1k_v3_S1_L001_I1_001.fastq.gz

• [Sample Name]S1_L00[Lane Number][Read Type]_001.fastq.gz
• 样本名称为pbmc_1k_v3
• I1: sample index read(optional)
• R1: Read 1
• R2: Read 2

• 更改下载数据的文件名